腾冲市马鹿塘水库从2019年6月20日开工至今发生一次重大设计变更。2020年9月，勘察设计单位对照施工图设计与初步设计的变化情况，并征求了项目乡镇和建设管理局意见，同意优化调整马鹿塘水库输水工程设计方案，设计单位编制了《腾冲市马鹿塘水库工程输水工程设计变更报告》。变更项目初设批准概算投资1104.68万元，变更后的概算投资616.15万元，减少投资488.53万元。增减投资不作概算修编与调整，在整体工程概算范围内调剂使用。

2020年12月22日，保山市水务局文件保水【2020】241号《保山市水务局关于腾冲市马鹿塘水库输水工程设计变更的批复》，对该项重大设计变更给予批复。