腾冲市税务局设8个内设机构，内设机构级别为正股级。
1.办公室
负责拟订本单位综合工作制度、年度工作计划；组织起草和审核重要文稿；负责公文处理、会务管理、信息调研、档案管理、机要保密、来信来访、值班值守、国家安全、扶贫和绩效管理、后勤保障及机关行政事务等工作；组织实施政务公开、政府信息公开、税收宣传工作；组织实施督查督办工作；办理人大代表议案、建议和政协委员提案的有关事项。贯彻落实本系统预决算管理、基建管理、会计核算管理、财务内控管理和政府采购、资产管理等规章、制度，拟订具体实施办法；审核汇编部门预算、决算,组织实施部门决算执行和公开工作；组织实施会计核算、会计基础规范工作；组织实施国库集中收付工作，办理具体收付事项；拟订年度采购计划，办理具体采购事项;负责资产的购置、处置和使用管理等工作；承担税务着装管理工作；组织实施基建项目管理。
2.法制股
负责组织实施依法行政和普法工作；负责涉及多个税种、社会保险费和有关非税收入综合性政策文件会办、起草和落实工作；负责规范性文件合法性审查、合规性评估、备案审查、清理等工作；负责重大执法决定法制审核工作；组织协调重大税务案件审理；组织办理行政许可、行政复议、行政诉讼等事项；组织办理涉税反补贴案件应对工作；负责公职律师和法律顾问相关工作。负责本系统内部控制工作的组织、管理和监督；组织实施税收执法督察，开展对社会保险费和有关非税收入法律、法规、规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织实施预算执行、基本建设、政府采购等内部财务审计和领导干部经济责任审计；组织实施本系统税收执法责任制工作；督促落实督察审计发现问题的整改工作；协调配合外部监督和上级监督，统筹协调内部监督检查工作；参与实施“一案双查”工作。
3.税政一股
负责组织实施增值税、消费税、车辆购置税等和进出口税收的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；负责相关税种和进出口税收具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；负责增值税发票管理，组织相关信息系统的推广应用及管理。参与海关特殊监管区域税收管理工作；参与拟订出口退（免）税年度安排，分配下达并组织实施年度退税安排；指导相关税种和进出口税收的日常管理、日常检查；参与相关税种和进出口税收的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
4.税政二股
负责组织实施房产税、城镇土地使用税、土地增值税、契税、城市维护建设税、印花税、资源税、环境保护税、车船税、耕地占用税和烟叶税等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；负责相关税种具体业务问题的解释和处理；组织落实相关税种的税收优惠政策；指导相关税种的日常管理、日常检查；参与相关税种的风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作。
5.社会保险费和非税收入股
负责组织实施基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费等社会保险费和文化事业建设费、教育费附加、地方教育附加等有关非税收入的征收管理工作，研究拟订具体实施办法；指导社会保险费、有关非税收入的日常征管、日常检查工作；参与有关社会保险费和非税收入征收的政策辅导、咨询服务、法律救济等工作。
6.税政三股
负责企业所得税、个人所得税具体业务问题的解释和处理；组织落实企业所得税、个人所得税优惠政策；组织实施企业所得税的季（月）度预征、汇算清缴等工作，组织实施个人所得税源泉扣缴、自行申报、汇算清缴、事后抽查等工作；指导企业所得税、个人所得税的日常管理、日常检查；参与企业所得税、个人所得税风险管理和纳税辅导、咨询服务、税收法律救济等工作；组织实施国家（地区）间税收条约（安排）；承担非居民所得、居民境外所得税收管理等跨境税收管理工作；组织实施反避税工作，参与国际税收有关的风险管理；组织实施税收服务“一带一路”建设；组织实施国际税收征管协作；参与国际交流合作和对外技术援助；承担外事管理。
7.征收管理股
负责组织落实综合性税收征管法律、法规、规章及规范性文件，拟订具体操作办法；组织实施税务登记、纳税申报、普通发票管理等日常征管工作；负责征管质量监控评价；负责组织落实信息化规划、方案和制度，实施本系统信息化建设、考核评价和验收工作；承担税务行业标准和业务需求管理；负责信息化立项和预算管理。
8.组织人事股
负责组织落实干部人事制度及税务人才队伍建设规划，拟订具体实施方案；承担人事、机构编制、公务员管理、干部考核等工作；承担工资、人事档案、专业技术职务管理等工作；承担下一级领导班子及领导干部和后备干部的管理、监督等工作；监督检查干部人事规章制度执行情况；办理出国政审事项。负责拟订并组织实施干部培训、学历教育管理制度、工作规划、年度计划；组织开展培训质量考核与评估；承办教育培训项目的开发与管理；承担教育培训经费管理和培训机构业务管理工作；指导、检查本系统教育培训工作。组织开展数字人事推行工作，负责数字人事日常管理。负责组织落实有关老干部工作的方针政策和工作部署，拟订具体实施办法；负责老干部的服务和管理工作。
机关党委
组织实施本系统党建和党风廉政建设工作；统筹负责本系统党员教育、管理、监督和服务工作；组织开展本系统思想政治工作和精神文明建设；承担本系统统战工作；协调机关工会、共青团、妇委会开展机关群团工作。
